Файлы можно скидывать прямо папками, структура папок будет сохранена. Результат будет загружен одним архивом.
Очень желательно не кидать разом более 50 картинок, хотя это больше зависит от браузера и мощности компьютера.
Желательно что бы файлы были пронумерованы. Итоговые файлы получат имена с соответствующими номерами. Иначе - будут пронумерованы случайно